夜暮降临，原本是一片寂静的天空却被突如其来的灰色身影所打破，月光慢慢照近那疾驰的灰色的身影，只见一名女孩正抱着个男孩焦急的看着远处那隐约的光点。“看到红莲岛了，化石翼龙拜托再快点。”女孩小声的对着灰色的精灵喊道，并不时地看着怀中昏迷的男孩。“吼。”名叫化石翼龙的灰色精灵顿时加快了速度，如果这是有人从下往上看的时候，就一定会以为是一颗灰色的流星快速划过。而此时的红莲岛神奇宝贝中心的上方，“大丰收，大丰收。”名叫武藏小次郎的一男一女正坐在喵喵气球上见一张巨大的渔网从神奇宝贝中心往上拉，渔网里有着许多的格斗精灵正在不断地挣扎，但是却于事无补。“该死的，又是火箭队，老爷爷别担心，就交给我好了。”名为小智的少年自信的对着身旁的老爷爷说道。“就决定是你了，比比鸟。皮卡丘，你坐在比比鸟身上，去打败火箭队。”小智派出了比比鸟并对着身旁的皮卡丘说道。
就在这时，一声大吼从天空中传出，“等等小智，你看那是什么。”眼尖的小刚连忙阻止了小智，指着天空说道。“那，那是化石神奇宝贝化石翼龙。”那名老爷爷非常惊讶的喊道。
“化石翼龙。”小智连忙拿出图鉴对准天上的灰影：“化石翼龙，化石神奇宝贝，由神秘的琥珀提取出来的遗传因子从而复活的恐龙时代的神奇宝贝，曾被猜测是天空的王者，是很凶暴的古代神奇宝贝。”“化石翼龙不是灭绝了吗，怎么会出现在这？”老爷爷惊讶的说道。“看看就知道了。”小智等人连忙朝着化石翼龙的方向跑去只见天空上的灰色身影离神奇宝贝中心越来越近，接着便是一发巨大的黄色能量光束直接炸飞了火箭队，网中的神奇宝贝们得以获救。“就是这了，化石翼龙降落吧！”就在小智等人来到化石翼龙不远处时，就见一名女生从化石翼龙的背上跳下，那名女生的背上有一个昏迷不醒的男生。
“小雨，怎么是你？小飞怎么了？”小霞一眼就认出了那名女生就是自己熟悉的小雨，以及小雨背上依然昏迷的小飞。“我们中了火箭队的陷阱，好不容易才逃了出来，可小飞为了保护我被对方的神奇宝贝绝招打中受了重伤。”小雨说到后面眼泪都不自觉地流了出来。“好了，现在不是说这个的时候，快送小飞去乔伊小姐那吧。”还是小刚知道现在事情的严重性，急忙的说道。“对啊！小飞的伤可不能再等了，化石翼龙，回来。”小雨连忙从小飞的腰间拿出神奇宝贝球将化石翼龙收了回去，背着小飞快速的冲进神奇宝贝中心。乔伊小姐好似早知道有这个情况一样在小雨送小飞进来后便立刻和吉利蛋为小飞准备手术。手术整整进行了两个小时乔伊小姐才从中走出，”乔伊小姐，小飞怎么样了？”小雨见乔伊出来便立刻冲上前询问。“病人没什么大碍，好好休息几天就行了，估计明天就应该会醒了。”乔伊小姐说道。小雨等人听了这才松了口气。
第二天早晨，太阳早早的升上天空，刺眼的阳光照射在一间寂静的病房中，“额，这是哪儿啊。”小飞缓缓地睁开眼睛，可随即又再度闭上，因为刺眼的阳光使他非常难受，习惯性的想要举起手遮挡阳光，但一不小心触碰了背部的伤口，小飞忍不住的叫了一声，因为实在是太痛了。一只手快速的将窗帘拉上，那只手的主人紧接着坐到小飞的旁边，“小飞别乱动，你才刚刚醒来身子可是很虚弱的。”声音来源亦是小雨的。“对不起，让你担心了小雨，这里是红莲岛的神奇宝贝中心吧。”小飞说着想要爬起来，可随即便被小雨按了回去，“都说了不要乱动，万一背上的伤口再次裂开该怎么办，听话，乖乖躺着。”小雨说话的口气多了些责备，可随即便又温柔了起来。“那你就在这里休息吧，我有点累了，先睡会儿。”小雨说着再也控制不住沉重的眼皮倒在小飞的手上睡着了。“嘻，这睡觉的样子真可爱啊。”小飞忍不住笑了一声，并伸出空闲的左手轻轻的触摸着小雨美丽的脸蛋，但这时房间门突然的被打开，“小飞，我们来看你了。”进来的是小智三人组，小飞连忙缩回手，说道：“是小智你们啊！好久不见了。”“小飞你醒了就好了，你看我可是得到了深红徽章了哦！”“小智，轻点，小雨正睡觉呢！”小飞轻轻的说道。“哦不好意思。”小智挠了挠头小声的道了歉。“小智我想我们还是不要打扰他们了，让小飞好好的休息吧！”小刚小声的说道，同时一脸暧昧的看了小飞一眼。“啊！我什么时候也能有一个男朋友啊！”小霞同样如此。“喂喂，你们够了哦！”小飞脸红的轻骂道。“干嘛！我还有好多话要跟小飞说呢！”不明所以的小智说道。‘都说了，走啦走啦！有什么话等下次再说。”小霞说完就和小刚拉着小智离开了房间。很快到了晚上，小雨才从睡梦中醒来，见小飞一直在看着自己，才发现自己一直压着小飞的右手睡觉，不由得脸红了起来，“小雨，你醒了啊！”小飞说道。“是啊！小飞你一定饿了吧！我去做晚饭，你等着。”小雨说完便一溜烟离开了房间。
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