12月13日，政府官员们逮捕了阿维耶若公爵、他16岁大的儿子戈维亚侯爵、他的从仆安东尼奥·弗雷拉、塔沃拉老侯爵、塔沃拉小侯爵、塔沃拉老侯爵夫人、这两个家族中的所有仆人及另外5名贵族。当天，所有耶稣会的学院皆被军队包围，马拉格里达神父和另外12位首要的耶稣会士被判下狱。为了加速这些事件的发展，一道国王的命令于12月20日发布，这一明显违反葡萄牙传统惯例的命令竟然允许使用酷刑以逼供。在酷刑和胁迫之下，50个犯人被审问。几个人的招供牵连到阿维耶若公爵，他自己在酷刑之下承认其罪；安东尼奥·弗雷拉承认他对马车开火，但发誓说他不知道国王是此次袭击的对象。在酷刑逼迫之下，几个塔沃拉家族的仆人牵累整个塔沃拉家族；小侯爵承认共谋；老侯爵被逼刑至快死的地步，仍坚决否认其罪名。蓬巴尔也亲自审问证人和囚犯。他派人检查信件，宣称在这些信件中，有24封是由阿维耶若公爵、几个塔沃拉家族中人、马拉格里达神父和其他耶稣会士所写，去通知他们的巴西朋友和亲戚们，告以此次阴谋的失败，而且答应重新筹划推翻政府的努力。1759年1月4日，国王任命西奎拉·尤西比欧·塔瓦雷斯博士为这些被告辩护。西奎拉辩称，用这些由酷刑逼出的供词作为证据是无价值的，所有被告的贵族皆能提出不在犯罪现场而在他处的证明。这一辩称被判为无说服力，中途截取的这些信件显为真实无讹，并能确证这些供词。1月12日，法庭宣告被起诉的所有嫌犯有罪。
他们当中的9人于1月13日被处决于贝伦的公共广场。首先处决塔沃拉老侯爵夫人。在绞首台上，刽子手弯身去绑她的双腿，她拒斥他，说：“不要碰我，杀了我。”她被迫去看行刑具——绞轮、铁槌和熟铁块，她的丈夫和儿子们也将死于这些刑具，随后她被斩首了。她的两个儿子随后于绞轮中被杀。阿维耶若公爵和老塔沃拉侯爵跨上绞首轮时，他们的尸体正摆在绞首台上。他们熬受同样的碎尸刑罚，而阿维耶若公爵被允许在极端的痛苦中徘徊，直至最后的处刑——活烧安东尼奥·弗雷拉。所有的尸体都被焚烧，骨灰则抛入塔古斯河。葡萄牙仍在辩论：这些贵族虽然已承认反对蓬巴尔，但是否有意要杀害国王呢？
另外一个值得讨论的问题是：耶稣会士涉及此次阴谋吗？毋庸置疑，马拉格里达神父在其炽热的怒斥中，曾经预言蓬巴尔的垮台和葡萄牙国王的早亡，而且，他和其他耶稣会士曾经与有官衔的部长举行过多次会议。他曾写给宫廷的一位女士一封信，乞求她提醒若泽一世防备一次迫在眉睫的危险，从这封信我们可知，这暗示他已经知道一个阴谋的形成。在牢狱中，他被问及如何得知这次危险，他在忏悔室中做了回答。根据一位反耶稣会的历史学者所做的言论，除此而外，“没有任何确凿的证据来证明耶稣会士与此次暴行有关”。蓬巴尔指控他们借着布道和传教来煽惑其同僚们产生暗杀国王的决意。他说服国王道：这种情况给君主制度提供了一个巩固自己权力以反抗教会的良机。1月19日，若泽一世发布敕令，扣押所有葡萄牙境内的耶稣会财产，而且将所有耶稣会士，在教皇处理这些控告他们的案件做出裁决之前，禁足于其屋舍或学院中。同时，蓬巴尔利用政府新闻社来印制许多小册子，以陈述这一不利于贵族和耶稣会士的案件，并由他的官员们广泛地发行于国内和国外。这显然是政府第一次利用印刷品来向其他国家解释其所采取的行动。这些印刷品可能在引导法国和西班牙驱逐其耶稣会士的行动中有些许影响。
1759年夏，蓬巴尔从教皇克莱门特十三世处获得允许将被捕的耶稣会士交付“高度叛国行为特别刑庭”裁判。甚至，他建议今后所有被控以叛国罪的教士均应于国家（世俗）的法庭中审判，而不在教会法庭中审判。在一封由若泽一世致教皇的私人函件中，国王宣称其驱逐耶稣会士于葡萄牙国境之外的决心，而且表示希望教皇核准他们行动中所采取的措施是正当的，而且是基于保护君主制度所必要的。克莱门特对国王的这些咨文感到震惊，但他害怕假如他直接反对，蓬巴尔将诱导国王中断葡萄牙教会与教皇之间的关系。他曾经取消亨利八世在英国的行动和措施，而且他知道法国也正在敌对耶稣会。8月11日，他同意在国家法庭审判之前，准许先行审问耶稣会士，但明显地表露其答应耶稣会士受国家法庭的审判，仅限于目前的案件。他私下恳求葡萄牙国王对被告的僧侣们给予慈悲；他提醒若泽一世过去耶稣会教团的成就，并相信所有的葡萄牙耶稣会士将不会因为少数耶稣会士的过错而遭受处罚。
教皇的恳求失败了。1759年9月3日是企图谋杀的周年纪念日，国王发布一道敕书，列述耶稣会士被断定之罪，制成一册冗长书表，并颁令：
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