传旨，赵南星、虞淳熙、杨于庭、袁黄罢职为民；陈泰来降级外调听用；于慎行、石星、沈鲤、王汝训、魏允贞、曾乾亨罚俸三月；曾同亨、孔兼、顾宪成、张纳陛、贾岩、薛敷教等朋谋乱政，降三级外调离京。”司礼监领旨。
内阁首辅申时行得知众人上疏中有提及自己，也上疏请辞，但很快得朱翊钧手诏，其中说“朕因新春积火上升，两目疼痛，卿可即出，待朕火愈，诏卿面商国事。”
从这里皇帝的反应来看，似乎是对申时行无比信赖，依旧将国事委于内阁。申府管事拜道：“老爷深受圣上信赖，恭喜老爷渡过此关。”
申时行道：“老夫与皇上君臣相知，岂是陈于陛、沈鲤、赵南星、顾宪成等人可比？不过此事倒并非我手段如何高明，而是皇上心意如此，聪明人本就不会参与——你看高南宁便一言未发。不说这些了，快去备车，我需入阁议事。”管事受命，出门备车，送申时行往东华门而去。
内阁之中申、王二位谈及京察之事，王锡爵贺道：“此番阁部之争吏部完败，此后我等可尽心国事了。这陈于陛实在是顽固不化，通过此前吏部尚书可不避内阁座轿一事可以看出，以往天官为缓解阁部矛盾，总是预先嘱咐轿夫避开阁轿。
而陈于陛不知是不解其中奥妙还是故意为之，只遵循旧例，不避阁轿，对等相向，可见此人或是孤高而不知变通，或是故意争权立势，殊不知他背后的高求真如今也是阁臣，他这般做不仅得罪我等，同样也会让高求真不满，因此便有今日一败。”
申时行叹息道：“只是这次争得有些大了，皇上一下就处置了这么多官员，他们定会认为是内阁阁臣——尤其是我二人从中作梗，这才引皇上大怒降罪。将来，他们会把这些帐都算在你我头上，而阁部之争恐怕也永无止境，如此国事如何可为？”
王锡爵答道：“元辅勿忧，这也是迫不得已之事，我虽一直反对堵塞言路，不过时至今日倒也觉得言路不能过于猖獗。欲求天下大治，除君臣同心之外更需令行禁止，朝野一致。”
申时行思索着道：“我料此次大争之后尚有余波，尤其六部之中或许还有要职调整，你我皆需留意，以免错失机会，为人所乘。”
王锡爵赞道：“元辅此言极是，未雨绸缪理所应当。”顿了一顿，又问：“之前有件事不好明说，如今只元辅与锡爵二人在，却不得不问了——宋应昌与李如松此番表现都颇有差错，我等是不是能想个法子换掉他二人？”
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