但是，朱翊钧并不是他爹那种大智若愚之人，他聪明的同时也隔代传似的继承了爷爷嘉靖的一些脾气，肯定不会坐以待毙。因此，为了削弱文官集团及其幕后黑手的势力，朱翊钧采取了缺官不补和派出矿监、税使两种措施。
但是，文官集团及其幕后黑手并没有因此而向朱翊钧妥协，既然你皇帝缺官不补，那么文官集团就在处理不涉及军国大事的政务时就自己拿主意。
既然你皇帝派出了矿监、税使，文官集团的幕后黑手就以“与民争利”为由一次次组织声势浩大的反矿监、税使运动，甚至直接出手鼓动民间搞出多次“抗矿税”骚动。
最终，朱翊钧于无奈之中被迫于万历二十九年册立朱常洛为皇太子。至此，国本之争在这一阶段的本质就清晰了。
从表面上看，文官集团的百般努力，不过是想让朱翊钧早日册立朱常洛为皇太子而已，但是其更深层次的含义其实在于：文官集团及其幕后黑手想借朱元璋的家法和汉唐兴衰的旧事达到对皇权的约束、限制，进而实现皇帝无为而治、文官集团及其幕后黑手当家做主的目的。
与此同时，朱翊钧为了避免自己被迫无为而治，可是又的确找不到更加冠冕堂皇的理由来对抗，因此只能通过缺官不补和派出矿监、税使来抗争。
朱常洛被册立为皇太子后，国本之争却没有随之结束。为了报复文官集团及其幕后黑手，朱翊钧并没有停止缺官不补、召回矿监和税使。并且，为了等待机会，他还打破了藩王成年后要前往封地就藩的惯例，让已经被封为福王的朱常洵照常留在京师。
最终在万历四十二年，随着一场皇太子朱常洛被刺杀的莫名其妙的梃击案，国本之争才终于画上了一个句号。由于这最后一个阶段中朱翊钧并没有采取什么新的措施，所以这一阶段的本质就是朱翊钧最后的挣扎。
看明白了以上这些道理，就能看明白此时朱翊钧的装傻充愣。
本质上，从整个文官集团的角度来看，他们并不真的有多在乎朱翊钧立谁为太子，立谁为太子影响的只是个别派系的利益——因为心学派支持朱常洛，实学派支持朱常灏嘛。
至于心学派为什么非要支持朱常洛，那是由于此前发生的那些事，导致心学派的“沉没成本”已经太高，这一点之前已经说过。
总之，文官集团内部对于立谁虽然各有想法，但是“国本之争”的本质从来不在于立谁不立谁，而是在于让皇帝知道一件事：皇权有所限，儒制不可违！
而现在呢？皇帝想装傻。
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