可惜中国不是美州大陆，也不是马尼拉，更不是另一时空的晚淸时代，天主教这样的做法，只能激起社会人士的反感与怀疑，结果在万历四十四年（1616年）酿成“南京教案”，使传教士在中国的活动一度遇到很大的困难。在同年，南京礼部侍郎沈潅三次上疏参劾耶稣会士图谋不轨，未得获准。8月底，他交结其他官员，逮捕并关押传教士、教徒，掀起反教会运动。
要不是当时后金兴起，明朝还需要这伙传教士帮助铸造火炮，而且又多亏了徐光启等人上书，极力分辩，万历皇帝才撤除禁令，传教士才得以继续传教。但传教事业却大受打击，虽然过去了二十多年，但也没有恢复到利玛窦开创的局面。这也时汤若望看重商毅的缘因，他现在迫切希望中国能够找到第二个徐光启。
虽然“南京教案”发生之后，龙华民被迫也做出了一些改变，但在本质上，他还是不赞这些不纯正的传教方式。不过汤若望的宗教信仰并不少于龙华民，但在变通方面却比龙华民强了许多，同时他在明朝的影响力以经远远高过了龙华民，因此完全可以绕开龙华民，按自己认为正确的方式传教。用中国话，这就叫做“天高皇帝远，谁也管不着”。
想通了这一点，汤若望对商毅道：“那么，商将军，既然您愿意为我们的传教事业提供帮助，那么需要我们为您做些什么？”
商毅一听，也不禁好笑，汤若望在中国呆久了，也学着上道了，也知道天下没有免费午餐的道理。
不过话挑明了就好办了，在“无利不起早”这一点上，老外确实比中国人实在，明码实价，决不遮遮掩掩，那怕是洋和尚也不列外。因此两人经过一番协商之后，马上就达成了几点协议：
一、商毅将在自己的管辖区和职权范围内，为传教士传教尽可能提供一切的有利条件，并划定修筑教堂的地区给传教士，可以随着管辖区的改变，而享受同样的条件。传教士的传教方法商毅不进行干涉，但必须尊守商毅本人的命令，同时有义务配合商毅来应付朝廷的法令。
二、允许传教士在商毅管辖区的公开场合內传教，但不经商毅允许，传教士不得在官府、军队、学堂（传教士自办除外）等地区及周边三百米的范围传教。同时也不得强迫居民信教，与其他宗教发生冲突时，交由官府处置，不得私下以暴力行为结决。
三、传教士有义务向商毅管辖区的各种学院的学生、士兵、工人教授指定的知识，帮助工厂提高生产技术水平，并且帮助商毅收集翻译指定的书籍，到澳门、马尼拉等地雇佣所需的欧州技术工人，及完成商毅指令完成的其他任务，但不得在此其间趁机传教，拉陇教徒。
四、商毅会视传教士完成工作的大小，给予传教士合理的报酬。但报酬的支付形式，可以用多种形式来表示，在事先由双方协商而定。
五、如果传教士在商毅管辖区在违法行为，商毅将有权根据［大明例律］，对传教士实行处罚，教会无权干涉。
五条协议是商毅经过细仔的思考后拟定出来，基本照顾到了双方的利益。而且在目前的条件下，汤若望也不可能要求过高，就是龙华民看了，也提不出其他的异议来。只是加上一条，在商毅的管辖区，禁止除天主教耶稣教会以外的其他教会传教，而且将随着商毅管辖区的改变，依然生效。
因为天主教内部也分了许多大小教会，在中国活动的传教士其本都是耶稣教会，但在东南亚一些地方，也有其他教会。汤若望显然不希望其他教会来中国分一杯羹。
商毅听了，也不禁道：“我们中国有一句老话，叫‘有人的地方就有江湖，有江瑚的地方就会有斗争’说得真是一点也没错。”
汤若望怔了一怔，也有些尴尬的笑了。
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